一、缺乏宏观调控的统筹规划，尚未形成高效协调的管理体制。部门条块分割，导致中药开发相关资源与力量分散。中药企业管理经验缺乏，没有形成现代化企业管理制度。

　　二、中药基础研究滞后，产业发展基础薄弱，创新能力差。中药材、中药饮片、中药提取物及中成药质量标准不完善，在中药的作用机理、物质基础、应用理论及新技术、新方法的开发等方面研究不深入，中药生产和质量检测装备落后。具有自主知识产权的品种少、中药产品低水平重复。大部分中药企业规模小、效益低、产业集中度低，缺乏市场竞争力。

　　三、适应市场经济的中药现代化多元化投入体系尚未建立。投入不足，资金来源单一，使用分散，没有中药现代化专项资金，科研投入有限。

　　四、中药资源家底不清、保护不力。1983年迄今，我国20多年没有组织中药资源普查，现有数据陈旧，无法据此出台资源保护与利用措施，给中药产业可持续发展造成困难。

　　五、缺乏高水平的中药现代化人才。中药研发、生产管理、国际贸易、知识产权、中医药学（包括民族医药）学科带头人等高素质人才严重缺乏。

　　六、中医中药发展不协调。强调中药现代化，却很少涉及中医中药必须同步发展。部分地区中医药消费下滑，一部分人对中成药疗效失去信任。

　　七、中医药传统知识和知识产权保护研究与保护措施不力，没有特别重视自主制定相应国际标准，与先进国家技术交流不够。