多元酚：茶多酚中的儿茶素类成分结构相似，尤其是表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）和其对映体没食子儿茶素没食子酸酯（GCG），常规方法难以分离。中南大学化学化工学院的雷启福等尝试以EGCG为模板，以α-甲基丙烯酸为功能单体，以乙二醇二甲基丙烯酸酯为交联剂制备了MIPs，从茶多酚中分离富集EGCG获得了满意效果。该院的向海艳等以白藜芦醇为模板，以丙烯酞胺为功能单体，以偶氮二异丁腈为引发剂制备了MIPs，并对虎杖提取液进行了分离，仅经过两步洗脱（甲醇淋洗后，5%醋酸甲醇溶液洗脱），就得到了白藜芦醇及少量白藜芦醇苷，且两者达到了良好的分离效果。
生物碱：MIT在生物碱中的应用较多，特别是手性异构体的分离与测定。例如，Dong等以中药麻黄中的成分（-）-ehedrine为模板，以甲基丙烯酸为功能单体，合成了（-）-ehedrine分子印迹聚合物，该聚合物对（-）-ehedrine有良好的选择性和亲和力。将其用于分子印迹固相萃取（MIP-SPE），直接从麻黄中提取出了（-）-ehedrine，经高效液相分析，纯度较高，回收率和精密度良好，表明MIP-SPE能直接用于麻黄中（-）-ehedrine的定量测定。
华中科技大学同济医学院的陈移娇等以咖啡因为模板，采用水溶液悬浮聚合法制备了微米级分子印迹聚合物微球（MIPMs），当以茶叶碱为竞争分子时，该MIPMs对咖啡因有很强的吸附和特异性选择识别能力，能对茶叶中的咖啡因进行分离富集。Xie等用哈尔满（harman）为模板制备了MIPs，并作为液相色谱-质谱联用系统的固定相，分离和在线鉴别了骆驼蓬种籽甲醇提取物中两个和哈尔满结构类似的抗癌组分：哈尔明碱（harmine）和哈马林（harmaline）。
甾体：甾体类化合物结构相似，采用常规方法很难对某一组分进行分离纯化和定量测定。而甾体分子大多含有羟基取代基，可以利用其和功能单体形成氢键或酯键，制备出相应的MIPs，使之得到高效分离。目前，应用MIT选择性分离、分析甾体分子已成为关注的热点，但多数涉及人体内的一些活性物质，如胆固醇、皮质醇等，用于植物中甾体成分的分离纯化较少。
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