新一代的表位疫苗在前人的基础上，在多肽分子内部加入了新的设计：连接子(Linker)和B细胞表位。原先的设计中表位与表位通过肽键连接，这种连接方式可能因为一些分子间作用力而导致表位的分子柔性减弱，不易于释放表位的活性表面而减弱了免疫效应。新的设计引入的连接子是一些实验证实的不具有任何免疫原性的三肽，它们能够强烈增强多肽的分子内柔性，充分暴露自己的活性表面。B细胞表位选用的HBV的PreS2蛋白的18-24位氨基酸组成。PreS2蛋白是HBsAg蛋白的一个前体。引入B细胞表位设计能够在原先设计的基础上同时加强体内的体液免疫反应，达到清除感染的宿主细胞同时清除游离病毒颗粒的治疗效果。
多肽在体内是很不稳定的，尽管两端设计棕榈酸分子保护，其半衰期与药效仍然是一个较大的矛盾。随着新的理论和技术出现，新的设计通过增强药效的方法来解决这一矛盾，实验结果显示良好。新的理论和技术是指：
氨基酸密码学说和分子模拟对接(molecular simulation docking)技术。氨基酸密码学说可以简单的理解为，多个氨基酸不同排列形成的短肽其生物学功能不同，一定顺序的氨基酸构成的短肽具有特定的功能。氨基酸分子的主体碳架结构相同，差别在于一个生物学上定义为R的基团，常见的20种氨基酸有20种R基团。多个氨基酸不同的排列可以粗略的理解为多种R基团的不同排列，就像钥匙的齿一样。表位可以理解为具有特定功能的多肽，其实起决定作用的就是表位中的R基团的排列组合，形成不同的“钥匙”，开启不同的免疫反应。R基团的化学成分主要包含C、H、O三种元素，所以在构成上不同R基团比较相似。
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